ruhanilik ittihamı ilə məhkum edilir və 15 il müddətinə Sibirə sürgünə göndərilir. O, məhbuslarla birlikdə kanal qazımalı idi. Seyyid Məhəmməd məhbuslar arasında böyük nüfuz qazanmışdı. Onu işləməyə qoymur, onun işini özləri görürdülər. Alim xatırlayırdı ki, hər məhbus onun əvəzinə bir neçə bel vurub deyirdi: “Bu da axund ağanın əvəzinə”.

Nümunəvi davranışına görə Seyyid Məhəmmədin sürgün müddəti azaldılır və 5 ildən sonra azad edilir. Bundan sonra bir daha, bu dəfə “Müsavat”la əlaqədə itiham olunur, 9 ay NKVD-nin zirzəmisində saxlanıldıqdan sonra buraxılır.

Seyyid Məhəmməd sovet hakimiyyəti altında sərbəst yaşaya bilməyəcəyini və sağ qalmayacağını başa düşür, buna görə də gizlicə Azərbaycanı tərk edib İrana keçir. O, Ərdəbildə məskunlaşır. Bu şəhərdə qaldığı iki il müddətində Seyyid Məhəmməd xalq içində çox məşhurlaşır. O, Ərdəbilin Sərçeşmə məscidində moizə edir, camaat namazı qıldırırdı. Deyirlər ki, Seyyidin moizələri və namazları çox izdihamlı keçirmiş. Hətta uşaqlar gündüz vaxtı məscidə gedib, orda yer tutur, axşam bu yerləri böyüklərə pulla satırmışlar.

İranın şah hökuməti Seyyid Məhəmmədin nüfuzundan və monarxiyaya qarşı çıxışlarından narahat olub onu Təbrizə sürgün edir. Onun dərin biliyi, geniş dünyagörüşü vardı. Üstəlik, şirin danışığı və ifadəli bəyanı ona öz fikrini daha gözəl çatdırmaq imkanı verirdi. Bakı ləhcəsinə uyğun olaraq, “nə üçün” sözünü “nöşün” şəklində tələffüz edirdi. Bu üzdən ona “nöşün ağa” ləqəbi ilə müraciət edirdilər.

Seyyid Məhəmməd ölkənin ictimai-siyasi həyatında da özünəməxsus rola malik idi, baş verən proseslərə vaxtında reaksiya göstərirdi. O, İran İnqilabının hazırlıq mərhələsində yaxından iştirak etmişdi. 6 günlük ərəb-İsrail müharibəsini (1967) şiddətlə qınayan Badkubeyi bu müharibədə zərər çəkmiş fələstinlilərə yardım kampaniyası elan etmiş, Təbrizin nüfuzlu alimləri ilə birlikdə bu barədə xalqa müraciət imzalamışdı.

Seyyid Məhəmməd Badkubeyi mərhum Ayətullahül-üzma Seyyid Məhəmməd Kazim Təbatəbai Yəzdinin