n “əl-Ürvətül-vüsqa” risaləsinə və Şeyx Nəsirəddin Tusinin “Təcridül-etiqad” kitabına haşiyə (şərh) yazmışdı, amma bunlar çap olunmayıb. Alimin nadir əlyazma və çap kitablarından ibarət zəngin kitabxanası da var imiş; öz vəsiyyətinə əsasən həmin kitabları Nəcəfi Mərəşi ağanın kitabxanasına hədiyyə verdilər.

Seyyid Məhəmməd Badkubeyi 1969-cu il avqustun 22-də 101 yaşında Təbrizdə vəfat etmiş və həmin şəhərdə torpağa tapşırılmışdır.

Natiq