Tiflisdə - Zaqafqaziya fraksiyası rəyasət heyətinin sədri kimi çıxışlar edir. Zaqafqaziya seymi dağıldıqda Rəsulzadə Batum konfransında iştirak etdiyinə görə gizli səsvermə nəticəsində qiyabi olaraq Azərbaycan Milli Şurasının (parlamentinin) sədri seçilir (1918-ci il, 27 may). Milli Şura Azərbaycanı müstəqil dövlət elan edir və M.Ə.Rəsulzadə Azərbaycan Milli Şurasının sədri kimi xarici işlər naziri Məmməd Həsən Hacınski ilə birlikdə Osmanlı dövləti ilə Batum müqaviləsini imzalayır (1918-ci il, 4 iyun). Müqavilənin 4-cü maddəsinə əsasən Osmanlı dövləti Bakı sovetinin daşnak-bolşevik hərbi birləşmələri və erməni-daşnak quldur dəstələri tərəfindən soyqırıma məruz qalmaqda olan Azərbaycan xalqına qardaşlıq yardımı göstərir. Azərbaycanın və bütün Cənubi Qafqazın türk-müsəlman əhalisi qırılıb məhv olmaqdan qurtulur. Rəsulzadə dövlət xadimi kimi Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 1918-ci ilin iyununda baş vermiş ilk hökumət böhranın aradan qaldırılmasında mühüm rol oynamış, istiqlalın qorunub saxlanması naminə sədri olduğu Milli Şuranın müvəqqəti olaraq, istefasına razılıq vermişdir. O, 1918-ci ilin iyununda Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin İstanbul beynəlxalq konfransına göndərilən səlabiyyətli nümayəndə heyətinə (Rəsulzadədən başqa Xəlil bəy Xasməmmədov və Aslan bəy Səfikürdski daxil idi) sədrlik etmiş, çox mürəkkəb beynəlxalq şəraitdə Azərbaycanın mənafeyini uğurla müdafıə etmiş, Azərbaycanda hərbi işin təşkili, maliyyə problemi, ərazi məsələsi haqqında Türkiyə rəsmiləri ilə danışıqlar aparmış, xüsusən Bakı məsələsində çevik və prinsipial mövqe tutmuşdur. 1918-ci il noyabrın 16-da Azərbaycan Milli Şurasının fəaliyyəti bərpa olunduqdan sonra onun sədri kimi Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin formalaşdırılmasında mühüm rol oynamışdır.

Parlamentin təntənəli açılışında (1918-ci, 7 dekabr) parlaq nitq söyləmiş və sonra "Müsavat" partiyasi adından gənc Cümhuriyyətin dövlət quruluşu, daxili və xarici siyasətinin əsas prinsipləri barədə bəyannamə ilə çıxış