oktyabrın 11-də xalqın yüksək siyasi fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir. Heydər Əliyev 15 may 2001-ci il tarixli fərmanı ilə EA-ya Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası statusu vermiş, beləliklə bu nəhəng elm təşkilatının Azərbaycan xalqı qarşısındakı xidmətlərini və akademik elmin ölkənin inkişafının əsas təminatçılarından olduğu faktını bir daha yüksək səviyyədə təsdiqləmişdir. Heydər Əlyevin təşəbbüsü, bilavasitə rəhbərliyi ilə 2001-ci il noyabrın 9–10-da Dünya Azərbaycanlılarının Bakıda keçirilən I qurultayı Azərbaycan diasporunun fəaliyyətinin yaxşılaşdırılması və gücləndirilməsi sahəsində çox dəyərli tarixi qərarlar qəbul etmişdir. 2003-cü ilin prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina etmiş və öz namizədliyini İlham Əliyevin xeyrinə geri götürmüşdü. Azərbaycanın ümummilli lideri Heydər Əliyev 2003-cü il dekabrın 12-də müalicə olunduğu Klivlend Klinikasında (ABŞ) vəfat etmiş, dekabrın 15-də Bakıda I Fəxri Xiyabanda dəfn