n fraksiyasının iclaslarında dəfələrlə çıxış edərək, Cənubi Qafqaz xalqlarını dostluğa, ədavəti aradan qaldırmağa, əldə edilmiş azadlığı qorumağa çağırmış,Türkiyə dövləti ilə danışıqlara başlamağı və sülh sazişi bağlamağı təklif etmişdir.

1918-ci il mayın 27-də Müsəlman fraksiyasının fövqəladə iclasında Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin sədrliyi ilə yaradılan Müvəqqəti Milli Şuranın İcraiyyə Komitəsinin tərkibində M.Cəfərov da seçilmişdi. M.Cəfərov Azərbaycan Milli Şurasının 1918-ci il mayın 28-dəki iclasında qəbul etdiyi İstiqlal bəyannaməsini imzayanlardan biri olmuşdur. Həmin iclasda Fətəli xan Xoyskinin təşkil etdiyi ilk Azərbaycan Hökumətinin tərkibində M.Cəfərov ticarət və sənaye naziri vəzifəsini tutmuşdur. Həmin il iyunun 17-də bu Hökumət istefa verdikdən sonra, M.Cəfərov Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Gürcüstan Respublikasında diplomatik numayəndəsi olmuşdur (1918-ci il iyunun axırlarından 1919-ci il martın ortalarına kimi). O, bu vəzifədə Azərbaycan və Gürcüstan hökumətləri arasında dostluq əlaqələrinin yaradılmasında, keçmiş Zaqafqaziya Demokratik Federativ Respublikasının əmlakının bölüşdürülməsində, Gürcüstan və Dağlılar respublikaları nümayəndələrinin Tiflisdə keçirilmiş konfransında yaxından iştirak etmiş və Azərbaycanla Gürcüstan arasında əlavə müvəqqəti kağız buraxılması haqqında müqaviləni imzalamışdır. 1919-cu il martın 14-də Nəsib bəy Yusifbəylinin təşkil etdiyi 4-cü hökumətdə M.Cəfərov xarici işlər naziri vəzifəsini tutmuş, bu vəzifədə 1919-cu il dekabrın 22-ə qədər çalışmışdır. M.Cəfərov bir diplomat kimi Azərbaycan Respublikasının mənafeyini müdafiə etmişdir. Bu onun imzaladığı Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında hərbi-müdafiə sahəsində əməkdaşlıq haqqında müqavilədə, Ermənistan, Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında sazişdə, azərbaycanlılara qarşı soyqırımı və ayrı-seçkilik siyasəti əleyhinə Ermənistan xarici işlər nazirliyinə, müsəlman əhalisinin mənafeyinin, əmlakının müdafiə edilməsi Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün