Tarixçilərin verdiyi məlumata görə Azərbaycan Atabəyləri - Eldənizlərin hakimiyyəti dövründə Əlincənin əhəmiyyəti xüsusilə artmış, hökmdar ailəsinin təhlükəsizliyini təmin etmək üçün sığınacaq yerinə çevrilibdir. Naxçıvan hakimi Zahidə xatunun iqamətgahı və Eldənizlərin xəzinəsi Əlincədə yerləşirdi.1225-ci ildə Xarəzmşah Məhəmmədin oğlu Cəlaləddin Manqburnının Azərbaycana hücumu zamanı Eldəniz hökmdarı Özbək 1210-1225 bu qalaya sığınaraq və burada döyüşlərin birində həlak olubdur. Bu mərdlik qalası XIV əsrin 80-90-cı illərində Əmir Teymura qarşı mübarizəsinin əsas istinadgahına çevrilərək 14 il mərdliklə müdafiə olunubdur. Teymurun gəlişini eşidən Cəlairi Sultanı Əhməd (1382-1410) xəzinəni, ailəsini, oğlunu, yaxın adamlarını Əlincədə yerləşdirib Bağdada çəkilir. Qalanın müdafiəsi 300 əsgərlə Əmir Altuna həvalə edilir.

Teymur 1386-1401-ci illərdə qalaya 4 dəfə yürüş edibdir. İlk yürüş dövründə (1386) qala ətrafında şiddətli vuruşma getmiş,aşağı səngərləri tutulub, müdafiəçiləri daha yaxın səngərlərə çəkilmiş, mühasirəyə alınıbdır. Teymurun oğlu Miranşah tərəfindən mühasirədə saxlanılan Əlincədə su ehtiyatı tükəndiyindən müdafiəçilər təslim olmaq məcburiyyətində qalıblar.Lakin müdafiəçilər qaladan çıxmayıb, güclü yağış yağmış, su qıtlığı aradan götürüldüyü üçün qala təslim olunmamışdı. 1393-cü ildə Teymurun 40 minlik qoşunu Əlincəyə hücum edir. Bu zaman müdafiəçilərin bir dəstəsi təsadüfən, Altunun başçılığı ilə qaladan çıxıb. Onlar geri döndükdə qala qapılarının Teymurun qoşunları tərəfindən tutulduğunu görüb onlara hücum edirlər. Düzgün strateji mövqe Altun və cəngavərləri teymurilərə böyük tələfat verir. Bu döyüşdə Əmir Teymurun on minlik qoşun sərkərdəsinin 2-si öldürülür və müdafiəçilər qalaya daxil ola bilirlər.

1397-ci ildə Şəki və gürcü qoşun birləşmələri Əlincəyə hücum edir və teymuri sərkərdəsi Sultan Səncəri məğlubiyyətə uğradaraq Sultan Tahiri mühasirədən çıxarıb Bağdada göndərir. Bu xəbər dünyanın ən güclü hərbi qüvvələrini məğlubiyyətə uğradan