ə onların mərkəzlərinin tarixi adları bərpa edilərək, müvafiq olaraq Xankəndi, Ağdərə və Xocavənd adlandırıldı. Ləğv edilmiş Hadrut rayonunun ərazisi Xocavənd rayonuna verildi. Xankəndi şəhəri Respublika tabeli şəhərlər, Ağdərə, Xocavənd, Xocalı vəŞuşa rayonları isə Respublika tabeli rayonlar kateqoriyasına aid edildi.
29.11 1991-ci ildə rayon tabeli Lənkəran, Şəki və Yevlax rayonları Respublika tabeli şəhərlər kateqoriyasına aid edildi. 18.02.1992-ci ildəərazisi Xanlar rayonundan verilməklə, mərkəzi Səfərəliyev qəsəbəsi olmaqla Samux rayonu yaradıldı. 02.04.1992-ci ildəərazisi Dəvəçi rayonundan verilməklə, mərkəzi Siyəzən şəhəri olmaqla Siyəzən rayonu yaradıldı. 29.04.1992-ci ildə Bakı şəhərinin Kirov, Lenin, 26 Bakı komissarları və Oktyabr rayonu müvafiq olaraq
Binəqədi, Sabunçu, Səbail və Yasamal rayonu adlandırıldı. 13.10.1992-ci ildə Ağdərə rayonu ləğv edilərək ərazisi Ağdam, Kəlbəcər və Tərtər rayonlarına verildi.
1992-1993cü illərdə Ermənistan Respublikası tərəfindən Azərbaycanm Xankəndi şəhəri və Ağdam, Ağdərə, Cəbrayıl, Füzuli, Xocalı, Xocavənd, Kəlbəcər, Laçın, Qubadlı, Şuşa və Zəngilan rayonlarının əraziləri işğal olunaraq zəbt edildi.

04.12.2001-ci ildə Naxçıvan MR Babək rayonunun Əliabad kəndi Naxçıvan şəhərinin inzibati tərkibinə verildi və 15.03.2002-ci ildə həmin kənd qəsəbə statusuna aid edildi.
01.03.2003-cü ildə Naxçıvan MR Sədərək rayonunun mərkəzi Sədərək qəsəbəsi kənd statusuna aid edilərək, Sədərək rayonunun mərkəzi Sədərək kəndindən Heydərabad qəsəbəsinə keçirildi.
19.03.2004-cü ildə Naxçıvan MR Babək və Şərur (Qıvraq kəndinə qəsəbə statusu verilməklə) rayonlarından verilməklə, mərkəzi Qıvraq qəsəbəsi olmaqla Kəngərli rayonu yaradıldı.
02.10.2006-cı ildə Abşeron rayonunun mərkəzi olan Xırdalan qəsəbəsi şəhər statusuna aid edildi.
23.10.2007-ci ildə Füzuli rayonunun Horadiz qəsəbəsi şəhər statusuna aid edildi.
07.12.2007-cı ildə Naxçıvan MR Şahbuz qəsəbəsi şəhər statusuna aid edildi.

25.04.2008-ci ildəƏli Bayramlı şəhəri Şirvan