əməkdaşlıq etmiş, Əlimərdan bəy Topçubaşovun redaktorluğu (1898-1907) dövründə qəzetin ədəbi şöbəsinin müdiri olmuşdur. "İslama görə və islam aləmində qadın", "İslam, axund və hatifülqeyb" kitablarında, habelə "Kaspi"də dərc etdirdiyi "Müsəlman söhbətləri", "Müsəlman xalqlarının vəziyyəti" adlı silsilə məqalələrində Əhməd bəy Ağayev müsəlman xalqlarının düşdüyü acınacaqlı vəziyyəti təhlil edir, bunun səbəblərini göstərir, müsəlman xalqlarına böhtan atan əcnəbi müəlliflərə tutarlı cavablar verərək, islam dünyasının şair, alim və mütəfəkkirlərindən söhbət açırdı. Bu illərdə Məhəmməd ağa Şahtaxtlının Tiflisdə nəşr etdirdiyi "Şərqi-Rus" qəzetində, habelə Kəlküttə və Qahirə mətbuatında da məqalələri dərc olunmuşdur. O, "Nicat", "Nəşri-maarif", "Səadət" kimi xeyriyyə cəmiyyətlərinin təşkilində və fəaliyyətində də yaxından iştirak etmişdir. 1905-ci ilin iyunundan Əli bəy Hüseynzadə ilə birlikdə Azərbaycanda milliyyətçilik düşüncəsinin formalaşmasında mühüm rol oynamış "Həyat" qəzetinin redaktoru idi. 1905-ci il dekabrın 19-dan "İrşad" qəzetini, 1907-ci ildə isə, eyni zamanda, rus dilində "Proqress" qəzetini nəşr etdirmişdir. 1908-ci ilin iyunundan "Tərəqqi" qəzetini çıxarmağa başlamış və Türkiyəyə gedənə qədər (1909) onun naşiri olmuşdur.

Əhməd bəy Ağayev 1905-ci ildə erməni-daşnak quldurlarının çarizmin fitvası ilə Azərbaycan xalqına qarşı törətdiyi soyqırımları zamanı dərc etdirdiyi məqalələrində bu faciələrin əsl günahkarları olan çar hakimiyyəti orqanlarının və erməni daşnakların iç üzünü açıb göstərirdi. O, Qafqaz canişininin milli qırğınların kəskinləşməsi ilə əlaqədar 1906-cı il fevralın 20-də Tiflisdə çağırdığı "barışdırıcı qurultay"da Əlimərdan bəy Topçubaşov, Qara bəy Qarabəyov və İsgəndər bəy Hacınski ilə birlikdə Bakı şəhərinin ali sosial təbəqələrinin nümayəndəsi kimi iştirak edərək, Azərbaycan tərəfinin proqramını bəyan etmişdi. Əhməd bəy Ağayev qurultaydakı çıxışında xalqların hüquq bərabərliyinin təmin edilməsini, Azərbaycan xalqına qarşı milli