i qırğınlara dərhal son qoyulması üçün "Daşnaksutyun" partiyasının və digər erməni təşkilatlarının buraxılmasını, əks halda, Azərbaycan tərəfinə də müdafiə olunmaq üçün ordu yaratmağa icazə verilməsini cəsarətlə tələb etmiş, gətirdiyi tutarlı dəlillərlə, faktlarla milli qırğınlara bais olan erməni liderlərini susdurmuşdur. Həmin hadisələrdən sonra Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan xalqının hüquqlarnı qorumaq məqsədilə 1906-cı ildə "Difai" partiyasını yaratmışdı. O, Bakı müsəlman sahibkarlarının xahişi ilə iki dəfə şəxsən II Nikolayın və onun nazirlərinin qəbuluna getmiş, Rotşild, Nobel kimi neft maqnatlarının Bakının neft yataqlarına sahib olmasına mane olmağa çalışmışdır. Əhməd bəy Ağayevin bu səfərləri və fəaliyyəti sayəsində azərbaycanlıların Bakı ətrafındakı neftli torpaqlardan köçürülməsi dayandırılmışdır. Təqiblər üzündən 1909-cu ildə Türkiyəyə mühacirət edən Əhməd bəy Ağayev burada "Gənc türklər'lə yaxınlaşmış, "İttihad və tərəqqi" partiyasına daxil olmuşdu. O, elmi, ictimai və publisistik fəaliyyətini davam etdirərək, "Tərcümani həqiqət" qəzetinin redaktoru, "Türk yurdu" jurnalının yaradıcılarından olmuş, türkçülük hərəkatının əsas ideoloqlarından biri kimi, Əli bəy Hüseynzadə, Ziya Göyalp, Yusif Akçura, Həmdullah Sübhi və b. ilə çiyin-çiyinə çalışmış, Afyon-Qarahisardan Osmanlı parlamentinə deputat seçilmişdir. 1915-ci ildə Rusiyada yaşayan azsaylı xalqların Lozannada keçirilən konfransında Azərbaycanın təmsilçisi kimi çıxış etmişdir. O, Əli bəy Hüseynzadə, Əbdürrəşid İbrahimov və Yusif Akçura ilə birlikdə Rusiya imperiyasında yaşayan türk xalqlarının dözülməz vəziyyəti ilə bağlı ABŞ prezidenti V.Vilsona təqdim olunan müraciəti imzalamışdır.

Əhməd bəy Ağayev 1918-ci ildə xalqın bolşevik-daşnaklara qarşı mübarizəsinə kömək üçün göndərilmiş Qafqaz İslam Ordusunun komandanı Nuru paşanın siyasi müşaviri kimi Azərbaycana gəlmişdir. Həmin il iyunun 16-da Milli Şura və Hökumət Tiflisdən Gəncəyə köçərkən bu Hökumətin həyata keçirmək istədiyi tədbirlərin "həddindən