artıq demokratik istiqamətindən" narazı qalan Azərbaycan burjuaziyası və mülkədarlarının təsiri altında Gəncədə real hakimiyyətə malik olan Türkiyə qoşunları komandanlığı ilə Milli Şura arasında anlaşılmazlıq yarandıqda Nuru paşanın yanında böyük nüfuzu olan Əhməd bəy Ağayev qarşılıqlı güzəştlər əsasında ümumi razılığa gəlməkdə vasitəçilik etmişdi. Onun təklifinə görə, Milli Şura buraxılmalı və bütün hakimiyyət yeni yaradılacaq Hökumətə həvalə olunmalı idi. 1918-ci il iyunun 17-də bu məsələni müzakirə edən Milli Şura yeni Hökumət təşkil etməyə və özünün bütün səlahiyyətlərini müvəqqəti olaraq ona verməyə razı olmuşdu.

Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin üzvü seçilmişdi. 1918-ci ildə general Tomsonla danışıq aparmaq üçün xüsusi nümayəndə heyətinin tərkibində Ənzəliyə göndərilmişdi. Həmin il dekabrın 28-də Paris sülh konfransında iştirak edəcək Azərbaycan nümayəndə heyətinin tərkibinə qatılmış, lakin İstanbulda "türk jurnalisti və Türkiyə parlamentinin deputatı" kimi təqdim olunaraq, ingilislər tərəfindən həbs edilmiş, "İttihad və tərəqqi" partiyasının rəhbərləri ilə birlikdə Malta adasına sürgün olunmuşdu. Sürgün olunanlar Atatürkün təşəbbüsü ilə ingilis hərbi əsirləri ilə dəyişdirilərkən, Ağayev də 26 aylıq sürgündən sonra, 1921-ci il mayın 28-də İstanbula qayıdaraq, yenidən milli hərəkata qoşulmuş və qurtuluş savaşının fəal iştirakçılarından olmuşdur. 20-ci illərdə Türkiyənin dövlət mətbuat bürosuna müdir təyin edilən Əhməd bəy Ağayev Qars bölgəsindən iki dəfə Türkiyə Böyük Millət Məclisinə deputat seçilmiş, Ankara Universitetinin professoru, eyni zamanda, "Hakimiyyəti-milliyyə" qəzetinin redaktoru olmuşdur. Əhməd bəy Ağayevin dünyagörüşü və ictimai fəaliyyəti səmərəli, mürəkkəb, həm də, müəyyən dərəcədə, ziddiyyətli olmuşdur. Həyatının müxtəlif dönəmlərində dünyagörüşü və siyasi düşüncəsi üç ana xətt üzərində cəmlənmişdir: İslamçılıq, Qərbçilik və Türkçülük. O, Qərb mədəniyyətindən öyrənmək fikrini yazılarında ardıcıl olaraq irəli