u struktur və idarəetmə orqanları daha da təkmilləşdirildi, ordunun maddi-texniki təchizatının yaxşılaşdırılması və döyüş hazırlığının yüksəldilməsi üçün zəruri tədbirlər həyata keçirildi. Denikin qoşunlarının hücum təhlükəsinin qarşısını almaq məqsədilə Bakı ətrafında və şimal sərhədi boyunca güclü müdafiə sisteminin yaradılması, Lənkəran bölgəsindəki separatçılığın aradan qaldırılması üçün planlaşdırılan döyüş tapşırığının icrasının təşkili, habelə 1920-ci il martın sonlarında Qarabağa erməni təcavüzünün qətiyyətlə dəf olunması və Cümhuriyyətin ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi Mehmandarovun hərbi nazir kimi fəaliyyətinin dəyərli nəticələri idi. Həm Qarabağ istiqamətində, həm də Qazax-Tovuz bölgəsində genişlənən erməni təcavüzünün qarşısının alınması üçün ölkənin hərbi potensialını məharətlə istiqamətləndirən Mehmandarov, strateji təşəbbüsü öz əlində saxlamaqla, Azərbaycanın hərb tarixinə layiqli səhifələr yazdı. Aprel işğalı (1920) ilə əlaqədar Mehmandarov vəzifəsindən istefa verdi. Azərbaycanın müstəqilliyinə qənim kəsilmiş qüvvələr onu Gəncə üsyanının təşkilində günahkar bilərək, 1920-ci il iyunun 4-də Ə.Şıxlinski ilə birlikdə həbs etdilər. Yalnız Nəriman Nərimanovun işə qarışmasından sonra Mehmandarov bolşevik terrorundan xilas oldu və Ə.Şıxlinski ilə bərabər bir il Moskvada yaşamaq məcburiyyətində qaldı. Mehmandarov 1921-ci ilin yayında Bakıya qayıdaraq, Xalq Hərbiyyə və Bəhriyyə Komissarlığında işə düzəlmiş, 1924-28-ci illərdə Birləşmiş Komandirlər məktəbində müəllim işləmiş, 1929-cu ildə isə təqaüdə çıxmışdır. Səməd bəy Mehmandarov 1931-ci il, fevral ayının 12-də Bakıda vəfat edib və Çənbərəkənd qəbiristanlığında dəfn