n birinci yarısında Bakı ikicərgəli qala divarı və xəndəklə əhatə olundu. Şəhərin müdafiə sisteminə Qız Qalası da daxil idi.[17] 1232–1235-ci illərdə Bakını dəniz tərəfdən qorumaq məqsədi ilə buxta daxilində möhkəmləndirilmiş qala tikildi.[4] Şirvanşahlar Xəzər dənizində güclü donanma yaratdılar.[4]

XIII əsrin 30-cu illərində monqollar Azərbaycana hücum edərək bir çox şəhərləri işğal etdilər.[4][17] İşğalçıların gəldiyi böyük yoldan kənarda yerləşən Bakı, başqa şəhərlərə nisbətən az zərər çəkmişdi.[17] Hərçənd, monqollar şəhəri alarkən Qız qalasının yuxarı hissəsi dağıdılmışdı.[17] Monqol istilası və ölkənin viran edilməsi şəhərin iqtisadiyyatını dağıtdı, Abşeronun və Bakının neft təsərrüfatını müvəqqəti olaraq pozdu.[17] XIII əsrin sonunda, XIV–XV əsrlərdə Bakı Xəzər dənizində başlıca liman və Şirvanşahlar dövləti Dərbəndilər sülaləsinin paytaxtı olduqdan, nəinki Azərbaycanın, eləcə də bütün Yaxın Şərqin mühüm şəhərlərindən birinə çevrildi.[17] Bakı beynəlxalq tranzit ipək ticarətində və Şərqlə Qərb arasında digər malların ticarətində fəal iştirak edirdi.[17] Bu, feodal şəhərinin tərəqqi dövrü idi.[17]

1501-ci ildə Şah İsmayıl Xətai Şirvana hücum edərək Bakını aldı.[4] Səfəvi hökmdarı I Təhmasib 1538-ci ildə Bakının da daxil olduğu Şirvanı Səfəvilər dövlətinə birləşdirdi.[4] Səfəvi-Osmanlı müharibələri zamanı 1578-ci ildə Osmanlı ordusu Bakını tutdu.[4] 1607-ci ildə şəhər yenidən Səfəvilərin hakimiyyəti altına keçdi.[4] Səfəvilər dövründə Bakıda mis pullar buraxılırdı.[4] Bakı və Abşeron əhalisinin xeyli hissəsi xalçaçılıqla məşğul olurdu.[4] XVI–XVIII əsrlərdə sənətkarlıq, xüsusilə xalçaçılıq daha da inkişaf etdi.[4] XVI əsrdəki dağıdıcı müharibələrə, Səfəvilər dövlətinə birləşdirilmiş Şirvandakı bir sıra antifeodal üsyanlara baxmayaraq, Volqa — Xəzər yolunun açılması ilə əlaqədar Bakının iri ticarət mərkəzi və Xəzər dənizində mühüm liman kimi əhəmiyyəti azalmadı.[17]

XVI əsrin sonlarında — XVII əsrin əvvəllərindəki türk işğalından sonra Bakı yenidən