nail oldular.Döyüşdə Gəncə hökmdarı III Fəzl bin Fəzli əsir götürdülər və bununla da 100 ildən artıq hakimiyyətdə olan Şəddadilər sülaləsinin hökmranlığına son verildi.I Məlikşah Gəncə hakimi kimi öz oğlu olan Məhəmməd Təpəri təyin etdi.Məhəmməd Təpər sultan seçildikdən sonra belə Gəncənin Səlcuq hökmdarı olaraq qaldı.

XII əsrin birinci yarısında Gəncə bir neçə dəfə gürcü basqınlarına məruz qalmış, buna cavab olaraq Səlcuq ordusu Gürcüstana güclə soxularaq oraları talan etmişdir. Gəncə Səlcuq türklərinə məğlub olana, yəni XI əsrə qədər Qafqaz Alban xristianlığının mərkəzi olmuşdur.1139-cu ildə zəlzələ nəticəsində V əsrdə yaranmış orjinal şəhər dağılmış və XII əsrdə əvvəlkindən bir az şərqdə yenidən tikilmişdir.


Eldənizlər dövrünə aid vaza, Qədim Gəncə, Azərbaycan Milli İncəsənət Muzeyi.
Atabəylər dövründə öz inkişafının pik nöqtəsinə çatan Gəncə Eldənizlərin paytaxtlarından biri olmuşdur. Bu dövr abidələrinin verdiyi məlumata görə, Gəncə "mühüm şəhər", böyük şəhər və paytaxt yəni "dar əl-mülk" idi. Gəncə Yaxın və Orta Şərqdə ən mühüm ticarət-sənət mərkəzi idi. Şəhər yaxınlığında dəmir və mis filizlərinin olması dəmirçilik, metal emalı, silahqayırma, qab-qacaq hazırlanması, metalda naxış açma və başqa sənət sahələri inkişaf etmişdilər.

Əsas karvan yollarının üzərində yerləşməsi bu şəhəri vacib ticarət mərkəzlərindən birinə çevirmiş, lakin 1231-ci ildə Monqolların Azərbaycana II yürüşündə basqına məruz qalaraq yenidən dağıdılmışdı.Gəncənin Ağkənd ərazisində XIV əsrə aid tarixi karvansara Elxanilər hökmdarı Əbu Səid Bahadur tərəfindən inşa olunub.XV əsrdə Gəncə Qaraqoyunlu dövlətinin tərkibinə daxil edilmişdir.

Qaraqoyunlu hökmdarı Cahanşah ticarətin, sənətkarlığın, elmin və incəsənətin, mədəniyyətin inkişafı naminə böyük işlər görmüş bir hökmdardır. Onun hakimiyyəti illərində Naxçıvan, Gəncə və Təbriz kimi iri şəhərlər çiçəklənib tərəqqi etmişdi.Qaraqoyunlu dövlətinin tərkibində olan Gəncə şəhəri Əmir Qaraman və varisləri tərəfindən idarə edilmişdir.