. Ağqoyunlular dövründə Gəncə bölgəsi Ziyadoğlu Qacar əmirlərinin idarçiliyində olmuşdur.

Azərbaycan Səfəvi dövləti yarandıqdan sonra da Gəncə Ziyadoğlu Qacar nəslinin irsi idarəsində olmuş və Qarabağ bəylərbəyiliyinin mərkəzinə çevrilmişdir. I Təhmasibin dövründə Gəncə bəylərbəyi Şahverdi Ziyadoğlu Qacar olmuşdu. Don Juan adı ilə Avropada yaşayan tarixi-coğrafi əsərlər müəllifi Oruc bəy Bayat burada 50 min ailənin (yəni 225 min nəfər) yaşadığını qeyd etmişdi.

1606-cı ildən 1804-cü ildə Rusiya İmperiyasına birləşdiyi dövrə qədər Gəncə Qacarlar, Əfşarlar, Zəndlər sülaləsinin tərkibində xanlıq mərkəzi olmuşdur.

XVII–XIX əsrlər
Gəncə xanlığı, Gəncə qalasının işğalı, Gəncə qəzası, və Gəncə quberniyası
1747-ci ildə Nadir şah Əfşarın öldürülməsi Azərbaycanda müstəqillik uğrundakı mübarizəni daha da gücləndirdi ki, bunun da nəticəsində Azərbaycan ayrı-ayrı feodal torpaqlarına – xanlıqlara parçalandı. XVIII əsrin ortalarında belə xanlıqlardan biri də Gəncə xanlığı idi. Şahverdi xan Ziyadoğlu-Qacar Gəncənin xanı (1740–1756) oldu. Xanlığın mərkəzi Gəncə şəhəri oldu. XVIII əsrin 80-ci illərində hakimiyyətdə olan Cavad xanın (1785–1804) dövründə Gəncə xanlığı xeyli möhkəmləndi.

2 dekabr 1803-cü ildən blokadada olan Gəncə qalası Nikolay Dubrovinə görə bütün Adərbicanda ən yaxşı hesab edilirdi.Bu zaman şəhər onun Gürcüstan kraliçası Böyük Tamaranın dövründən bəri Gürcüstana aid olması və Gürcüstan hökmdarlarının zəifliyinə görə bu yerlə əlaqəsini kəsdiyini bəhanə edən general-leytenant Sisianovun rəhbərliyi altındakı rus ordusunun hücumlarına məruz qalırdı.Sisianova görə "Gəncə qalasının yerli mövqeyi bütün Adərbican üzərində hökmran" idi. Məhz buna görə də "bu istila Rusiya üçün birinci dərəcəli əhəmiyyətə malik" idi.

Sisianov Qacarlar nəslindən olan V Gəncə xanı Cavad xandan təslim olmağı tələb edəndə Cavad xan imtina etdi və Tamaradan bəri Gəncənin Gürcüstana aid olmasını rədd etdi. Gəncəyə yaxınlaşarkən Cavad xan onlarla savaşdı və məğlub oldu. Ancaq 3