n şəhəri əsasən müasir Naxçıvan MR və qisəmən də Ermənistan (Qərbi Azərbaycan) ərazisini əhatə edən və ərəb mənşəli Əbudüləfilər sülaləsi tərəfindən idarə olunan Naxçıvanşahlıq dövlətinin mərkəzi olmuşdur.[40]

XI əsrin I yarısından Azərbaycan, eyni zamanda Naxçıvan bölgəsi Səlcuqluların başçılıq etdikləri oğuzlar və başqa türk tayfaları tərəfindən ələ keçirilir. 1018–1021-ci illərdə Araz çayını keçən oğuzlar cənub istiqamətindən Arran torpaqlarına yürüş edərək, Naxçıvan, daha sonra isə ermənilərin qədim paytaxt şəhərlərindən olan Dəbil şəhərini ələ keçirirlər.[41]

1038-ci ildə Səlcuq dövləti yarandı.[42] Onun ilk hökmdarı Toğrul bəyin (1038–1063) varisi Alp Arslan (1063–1072) Azərbaycanın cənub vilayətlərində Rəvvadilər sülaləsinin hakimiyyətinə son qoyduqdan sonra səlcuqlular bütün Naxçıvana yiyələndilər.[43] (1064) Səlcuqlular imperiyasının süqutundan sonra 1136-cı ildə qıpçaq mənşəli[44][45] Eldənizlər sülaləsinin idarə etdiyi Azərbaycan Atabəyləri dövləti (1136–1225) yaranmış və Naxçıvan şəhəri bu dövlətin ilk paytaxtı[46] olmuşdur.

Atabəylərin xəzinəsi həmişə atabəyin olduğu yerdə saxlanırdı. Əsas dövlət xəzinəsi isə Naxçıvan şəhəri yaxınlığındakı Əlincə qalasında mühafizə olunurdu. Şəmsəddin Eldənizin dövründən başlayaraq dövlətin bütün gəlirləri burada toplanırdı.[47] Bu dövrdə Naxçıvan paytaxt kimi xeyli inkişaf edir, şəhərdə qiymətli memarlıq abidələri – qalalar, saray, məscid, hamam və xatirə abidələri inşa edilirdi.

Eldənizlərdən sonra Naxçıvan bir müddət xarəzmşah Məhəmmədin oğlu Cəlal əd-Din Məngburninın nüfuz dairəsində qalır.[48] Həmin dövrdə Naxçıvanın hakimi Məhəmməd Cahan Pəhləvanın Zahidə Xatundan olan qızı Cəlaliyyə Xatun idi.[49]

XIII–XIV əsrlərdə Naxçıvan bölgəsi Azərbaycanda və ümumiyyətlə, Yaxın Şərqdə gedən siyasi – iqtisadi, mədəni proseslərin mərkəzlərindən birinə çevrilir. Hülakülərin, Çobanilərin, Cəlairilərin nüfuz dairələrində olan Naxçıvan bu dövlətlərin siyasi həyatında da yaxından iştirak edir. Əmir Teymurun