Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası qəbul edildi, Azərbaycan və Naxçıvan Parlamentlərində ilk demokratik seçkilər keçirildi. V. Y. Talıbov Naxçıvan Ali Məclisinin sədri seçildi. Azərbaycan Konstitusiyası Naxçıvan MR-ə Azərbaycanın tərkibində muxtar dövlət statusu verdi. Azərbaycan Konstutusiyası əsasında Naxçıvan MR-in Konstitusiyası hazırlandı və 28 aprel 1998-ci ildə muxtar respublikanın Ali Məclisində qəbul edilərək, həmin il 29 dekabrda Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi tərəfindən təsdiqləndi.

Naxçıvan MR Kiçik Qafqazın Cənub–Qərbində yerləşir. Azərbaycan Respublikası ərazisinin geomorfoloji rayonlaşdırılması bölgüsündə Naxçıvan MR–in ərazisi Kiçik Qafqaz geomorfoloji vilayətinin Arazyanı dağlar və Naxçıvan (Orta Araz) çökəkliyi yarımvilayətlərinə aid edilir. Arazyanı dağlar yarımvilayəti muxtar respublika ərazisində Dərələyəz və Zəngəzur silsilələrini, Naxçıvan çökəkliyi geomorfoloji yarımvilayəti isə, əsasən, Arazboyu düzənlikləri əhatə edir. Dəniz səviyyəsindən orta yüksəkliyi 1450 m-dir. Ərazinin üçdə iki hissəsi hündürlüyü 1000 m–dən yuxarı olan dağlıq sahələrdir. Ərazinin üçdə bir hissəsi isə bir-birindən dağ qolları və tirələri ilə ayrılan maili Arazboyu düzənliklər (Sədərək, Şərur, Böyükdüz, Naxçıvan, Culfa, Yaycı, Kəngərli, Dəstə, Ordubad və s.) tutur. Bu düznliklərin ümumi sahəsi 10 min hektara qədərdir. Arazboyu düznliklərin ən geniş yeri Şərqi Arpaçayın mənsəb hissəsində olub, bu ərazidə bir tərəfdən tektonik çökmənin, digər tərəfdən isə akkumulyasiya prosesinin getməsi nəticəsində yaranmışdır.

Muxtar Respublika ərazisinin çox hissəsini Kiçik Qafqazın Zəngəzur və Dərələyəz silsilələri və onların Araz çayının dərəsinə doğru uzanan və müasir relyefdə orta və alçaq dağlıq yaradan qolları əhatə edir. Zəngəzur silsiləsi Kiçik Qafqazın ən yüksək silsilələrindəndir; ən hündür zirvəsi Qapıcıq dağı (3906 m) eyni zamanda Kiçik Qafqazın Azərbaycan Respublikası ərazisindəki ən yüksək zirvəsidir və daimi qar xəttindən 41 m yuxarıda yerləşir.