respublikanın ərazisi qurq iqlimə malik olduğundan burada göllərin sayı az, sahəsi və həcmi kiçikdir. Əksər göl çalalarının formalaşmasında tektonik hərəkətlərin və bulaqların rolu olmuşdur. Ərazinin təbii gölləri, əsasən, Naxçıvançayın və Gilançayın hövzələrinə aiddir. Qanlıgöl və Salvartı gölləri eyniadlı çayların mənbələrində yerləşir. Naxçıvan MR ərazisində iyirmiyədək göl (əksəriyyətinin sahəsi 10 hektardan azdır) var.

Naxçıvan MR–də bir neçə su anbarı (Arpaçay, Uzunoba, Nehrəm, Heydər dəryaçası, Qahab, Xok və sair) yaradılmış, suvarma kanalları çəkilmişdir. Araz su qovşağı su anbarının bir hissəsi Naxçıvan MR ərazisindədir. Araz çayı üzərində hidrotexniki kompleksin, su anbarlarının, suvarma sisteminin tikilməsi və geniş miqyaslı meliorasiya-irriqasiya işlərinin görülməsi sayəsində kənd təsərrüfatının suvarma imkanları və təchizatı yaxşıdır.

Torpaq örtüyü
Naxçıvan MR ərazisində torpaq tipləri, yarımtipləri və sair taksonomik vahidlər relyef xüsusiyyətlərinin, torpaqəmələgətirən proseslərin təsiri altında formalaşmışdır. Müəyyən edilmiş torpaq tipləri fiziki-coğrafi şəraitə uyğun olaraq bir-birindən aydınşəkildə fərqlənməklə bütün səciyyəvi-zonal əlamətlərə malikdirlər. Bölgədə yayılmış dağ və düzən torpaqlarını əsasən ibtidai və torflu dağ-çəmən, çimli dağ-çəmən, bozqır dağ-çəmən, yuyulmuş qəhvəyi dağ-meşə, karbonatlı və qismən bozqırlaşan qəhvəyi dağ-meşə, mədəniləşmiş tünd və aid dağ-şabalıdı, qismən çürüntülü-sulfatlı (əhəngli) və tam inkişaf etməmiş dağ şabalıdı, suvarılan tipik-boz, açıq və ibtidai boz-çəmən, suvarılan sibasar-allüvial-çəmən, tipik və şoranlı şorakətlər tiplərinə bölürlər.[88]

Naxçıvan MR ərazisində dağ-mədən tullantıları ilə pozulmuş torpaqlar, çaqıldaşı çay yataqları, həmçinin çılpaq qayalıqlar və səthə çıxmış gilli süxurların arealları da mövcuddur.

Torpaqların mexaniki tərkibi, yüngül mexaniki tərkibdən (qumsal), ağır mexaniki tərkibə (gilli) qədər dəyişir. Suvarılan tipik boz, açıq və ibtidai boz, çəmən boz, yüksək