bölünür: Arazboyu düzənliklər, orta dağlı və yüksək dağlıq qurşaqları. Ən çox bioloji müxtəliflik orta dağlıq qurşağa mənsubdur. Belə ki, Arazboyu düzənliklərdə 732 növ, orta dağlıqda 1326 növ, yüksək dağlıqda isə 640 növ floraya rast gəlinir.

Muxtar Respublikanın ərazisi təbii şəritinə görə Azərbaycanın digər bölgələrindən kəskin surətdə fərqlənir və bu bölgənin heyanlar aləminin zənginliyində öz əksini tapır. Burada olan heyvanların növ tərkibi və miqdarı Azərbaycan faunasının 60–80 %-ni təşkil edir.[90] Muxtar respublikada endemik və yeni növlər məkən salmışlar; yalnız bu əraziyə xas olan çoxsaylı endemik və relikt, hətta, elm üçün yeni olan heyvan növləri mövcuddur. Belə çoxsaylılıq, ərazidə rast gəlinən bütün hüyvan qruplarında nəzərə çarpır. Buna görə də Naxçıvan MR ərazisi hələ qədimdən bir sıra yerli və xarici alimlərin marağına səbəb olmuşdur. Muxtar respublikanın faunası XIX əsrin II yarısından başlayaraq tədqiq olunur.[91]


Bir sıra xarici və rus alimlərinin Cənubi Qafqazda cücüləri öyrənilməsi ilə əlaqədar apardıqları tədqiqatlar nəticəsində toplanmış materiallarda Naxçıvan bölgəsinə, xüsusilə Ordubad rayonuna daha çox diqqət yetirilir. Sonralar, 1911-ci ildə alman alimi Y. Miller Ordubad rayonunda xeyli kəpənək növü toplamışdır.[93] Bu alimlər bölgədə 117, Azərbaycan alimləri isə əlavə olaraq2 813 kəpənək növü aşkar etmişlər. Bunların da 150 növü yalnız Naxçıvan MR ərazisi üçün səciyyəvidir.[94]

Ərazidə 4 növ qulağagirən, 3 növ yüyrük (1 növü elm üçün yeni), 4 növ dəvədəlləyi, 67 növ düzqanadlı (4 növü elm üçün yeni), və 75 növ cırcırama, 480 növ yarımsərtqanadlı (7 növü endemik) qeydə alınmışdır. Burada yayılmış 2250 böcək növünün 25 növü Cənubi Qafqaz üçün, 51 növü isə Naxçıvan bölgəsi üçün endemikdir. Böcəklər içərisində faydalı sayılan 46 pərəbüzən növündən 39-na Naxçıvan ərazisində rast gəlinir.[95]

Ərazidə kənd təsərrüfatı heyvanları və insanlar arasında bir sıra qorxulu yoluxucu xəstəliklər yayan 42 növ nəm milçəyi qeydə