n qüvvələrinin şəhəri ələ keçirməsinin qarşısını almaq üçün Xankəndiyə bir neçə Xüsusi Təyinatlı vzvod və digər əlavə hərbi birlikləri göndərdi. 1991-ci ilin dekabr ayında SSRİ öz mövcudluğuna son verdi. Xankəndindəki ermənilər bunu fürsət kimi bilib dərhal şəhərdə yerləşən hərbi bazaya hücum edərək oradakı bütün silahları ələ keçirdilər. Döyüş zamanı bir neçə erməni silahlısı və bir rus əsgəri öldürüldü. Bazada olan rus əsgərlərinin bir hissəsi ermənilərlə vuruşmağa razılıq verdi, buna razı olmayanlar isə Qarabağdan qovuldular. Lakin bundan daha əvvəl Xankəndində yerləşən 366-cı moto-atıcı alayın rus əsgərləri öz silahlarını ermənilərə satmağa başlamışdılar. 1991-ci ildə Qarabağda olan amerikalı hüquq müdafiəçisi Skot Harton bu barədə yazaraq bildirir ki, hərbi bazada xidmət edən rus zabiti onu yerli biznesmen kimi təsəvvür edərək ona tankı 3000 ABŞ dollarına almağı təklif edib. Bəzi şahidlər isə rusların öz silahlarını araq əvəzinə ermənilərə verdiyini deyir. Müharibə boyunca Azərbaycan Ordusunun bölmələri bir neçə dəfə Xankəndinə yaxınlaşsa da, şəhəri işğaldan azad etmək mümkün olmayıb.

Atəşkəs dövrü
Qarabağ müharibəsi dövründə Xankəndi şəhəri böyük dağıntılara məruz qalır. Lakin müharibədən sonra ermənilər xaricdəki diasporun köməyi ilə Xankəndini bərpa edirlər. Onu da qeyd etmək lazımdır ki, ermənilər işğal olunmuş digər rayonların şəhər mərkəzlərini talan edərək onların vasitəsilə Xankəndini və həmçinin Dağlıq Qarabağdakı digər şəhərləri çox ucuz qiymətə bərpa ediblər. Bundan başqa erməni diasporunun köməyi ilə Gorus şəhərindən Xankəndinə qədər 64 km uzunluğunda, çəkilişi 1999-cu ildə tamamlanan şose yolu çəkilmişdir ki, bu yol Ermənistan ilə işğal olunmuş əraziləri birləşdirən yeganə yoldur. 2000-ci ildə Xankəndində separatçı rejimin başçısı Arkadi Qukasyana sui-qəsd təşkil olunur. Qukasyan bu hücum nəticəsində sağ qala bilir. Sui-qəsdin təşkilatçısı kimi Qarabağdakı erməni ordusunun komandanı olan Samvel Babayan tutularaq 14 illik həbs cəzasına məhkum