əsas şəhəri adlandırılır. Bu dövrdə Azərbaycanda yayılmış Xürrəmilər hərəkatı Naxçıvanı da əhatə etmiş[37], Naxçıvan ərazisi həm xürrəmilərin, həm də əsasən xristian dinli əhali arasında yayılmış Pavlikan hərəkatının[38] əsas dayaq nöqtələrindən biri olmuşdur.

IX əsrdə Naxçıvan Sacilər dövlətinin tərkibinə daxil edilir və X əsrin 30-cu illərinədək bu sülalənin hakimiyyəti altında qalır. Sacilər xanədanı süquta uğradıqdan sonra (942) Naxçıvan bir müddət bu sülaləyə sadiq olan Deysəm ibn İbrahimin hakimiyyəti altında qalmışdır. 942–981-ci illərdə Naxçıvan Salarilər dövlətinin tərkibinə daxil olmuşdur.[39] X əsrin sonundan XI əsrin 60-cı illərinə kimi Naxçıvan şəhəri əsasən müasir Naxçıvan MR və qisəmən də Ermənistan (Qərbi Azərbaycan) ərazisini əhatə edən və ərəb mənşəli Əbudüləfilər sülaləsi tərəfindən idarə olunan Naxçıvanşahlıq dövlətinin mərkəzi olmuşdur.[40]

XI əsrin I yarısından Azərbaycan, eyni zamanda Naxçıvan bölgəsi Səlcuqluların başçılıq etdikləri oğuzlar və başqa türk tayfaları tərəfindən ələ keçirilir. 1018–1021-ci illərdə Araz çayını keçən oğuzlar cənub istiqamətindən Arran torpaqlarına yürüş edərək, Naxçıvan, daha sonra isə ermənilərin qədim paytaxt şəhərlərindən olan Dəbil şəhərini ələ keçirirlər.[41]

1038-ci ildə Səlcuq dövləti yarandı.[42] Onun ilk hökmdarı Toğrul bəyin (1038–1063) varisi Alp Arslan (1063–1072) Azərbaycanın cənub vilayətlərində Rəvvadilər sülaləsinin hakimiyyətinə son qoyduqdan sonra səlcuqlular bütün Naxçıvana yiyələndilər.[43] (1064) Səlcuqlular imperiyasının süqutundan sonra 1136-cı ildə qıpçaq mənşəli[44][45] Eldənizlər sülaləsinin idarə etdiyi Azərbaycan Atabəyləri dövləti (1136–1225) yaranmış və Naxçıvan şəhəri bu dövlətin ilk paytaxtı[46] olmuşdur.

Atabəylərin xəzinəsi həmişə atabəyin olduğu yerdə saxlanırdı. Əsas dövlət xəzinəsi isə Naxçıvan şəhəri yaxınlığındakı Əlincə qalasında mühafizə olunurdu. Şəmsəddin Eldənizin dövründən başlayaraq dövlətin bütün gəlirləri burada toplanırdı.[47] Bu dövrdə Naxçıvan