ərazisi döyüş meydanına çevrildi. Dəfələrlə əldən-ələ keçən Naxçıvan şəhəri isə dağıntılara məruz qaldı. Dövrün hərbi-siyasi hadisələri üzündən Naxçıvan şəhəri əski əzəmətini, Azərbaycanın iqtisadi-siyasi, mədəni həyatındakı rolunu və mövqeyini itirmişdi. Culfa, Ordubad, Əylis kimi mərkəzlərə də xeyli zərər dəymişdi. I Şah Abbasın hakimiyyəti dövründə (1587–1629) isə Naxçıvandan İrana çoxlu əhali sürgün olundu.[53]

XVII–XVIII əsrlərdə Naxçıvan ərazisi ustaclılar tayfasının idarəsinə verilmişdi. Bu tayfanın tərkibinə daxil olan Kəngərlilər Naxçıvanın siyasi və mədəni həyatında aktiv iştirak edirdilər.

XVIII əsrin əvvəllərində Azərbaycana sahib olmaq uğrunda iki türk sülaləsi – Osmanlılar və Səfəvilər arasında mübarizə yenidən gücləndi. 1724-cü ilin sentyabrında osmanlılar Naxçıvan şəhərini, bir neçə gün sonra isə Ordubad şəhərini tutdular. Naxçıvan vilayətinin böyük bir hissəsi yeni təşkil olunmuş Naxçıvan sancağının tərkibinə daxil edildi. Osmanlılar dövründə Naxçıvan sancağı 14 nahiyyəyə bölünmüşdü: Naxçıvan, Əlincə, Sair Məvazi, Dərəşahbuz, Mülki-Arslan, Məvazeyi-Xatun, Qarabağ, Qışlağat, Dərəşam, Azadciran, Şorlut, Dərəşürgüt, Sisyan, Dərələyəz. Ordubad ayrıca nahiyyə təşkil etməyərək Azadciran nahiyyəsinə daxil idi.[54]

1735-ci ildə Azərbaycanın digər əraziləri kimi, Naxçıvan da Nadir xanın hakimiyyətinə keçdi. 1736-cı il Muğan qurultayında özünü şah elan edən Nadir şah Əfşar Səfəvilər sülaləsinin hakimiyyətinə son qoydu. Mərkəzləşdirmə siyasəti yeridən Nadir şah inzibati — ərazi bölgüsünü dəyişdi., bəylərbəylikləri ləğv edərək Azərbaycanın bütün ərazisini vahid Azərbaycan vilayəti (mərkəzi Təbriz şəhəri) adı altında birləşdirdi və vilayətin idarəsini qardaşı İbrahim xana həvalə etdi. Naxçıvan bölgəsində yaşayan Kəngərli tayfası Nadir şaha itaətsizlik göstərdiyinə görə bu tayfanın bəzi üzvləri Əfqanıstana sürgün edildi. Nadir şah Naxçıvan əyalətinə eyni zamanda iki hakim təyin etdi: "Hakim-e ölkə-ye Naxçıvan" (tayfa vəkili və əyalətdən toplanan