n nəzdində mollaxana adlanan 60-a qədər ibtidai mədrəsə fəaliyyət göstərirdi. Dünyəvi fənlərin də təlim edildiyi Naxçıvan və Ordubad mədrəsələrindəYaxın Şərq ölkələrindən gəlmiş tələbələr də təhsil alırdı. Naxçıvan şəhərində ilk dünyəvi məktəb Ehsan xan Kəngərlinin XIX əsrin 30-cu illərinin sonlarında açdığı rus-tatar qəza məktəbidir. Həmin məktəb 1879-cu ildə üçsinifli şəhər məktəbinə çevirilmişdi.[116]

XIX əsrin sonlarında bütün Azərbaycanda olduğu kimi, Naxçıvanda da üsuli-cədid məktəbləri yaranmağa başladı. M. T. Sidqi Ordubadda "Əxtər" (1892), "Qız məktəbi" (1896) məktəbləri təsis etdi. 1920-ci ilədək Naxçıvanda 45 məktəb fəaliyyət göstərirdi. Sonrakı dövrlərdə Naxçıvanda təhsil daha da inkişaf etmiş, müxtəlif sahəli elm ocaqları yaradılmışdı.

1991–2001-ci illərdə muxtar respublikada 45 yeni məktəb binası inşa edilmiş, 18 məktəb binası isə əsaslı təmir edilərək yenidən qurulmuşdur. Hal hazırda muxtar respublikada 106 daimi məktəbəqədər uşaq tərbiyə müəsissəsi, 26 məktəbdənkənar müəsissə, 233 orta təhsil müəsissəsi, 14 uşaq idman və şahmat məktəbi fəaliyyət göstərir. Bundan əlavə 6 peşə litseyi və 3 kollec(Naxçıvan Musiqi Kolleci,Texniki Kollec və Tibb Kolleci)də vardır. Naxçıvan MR-də ali təhsil sistemi də yaradılmışdır. C. Məmmədquluzadə adına Naxçıvan Dövlət Müəllimlər İnstitutu ,Naxçıvan Dövlət Universiteti və Naxçıvan Özəl Universiteti muxtar respublikanın müxtəlif elm sahələrində olan mütəxəssislərə olan tələbatının ödənilməsində mühüm rol oynayır.

Naxçıvan orta əsrlərdə Azərbaycan elminə, bütün Yaxın və Orta Şərqdə şöhrət qazanmış onlarla görkəmli alim, mütəfəkkir, filosof, hüquqşünas, tarixçi, filoloq, təbib və ilahiyyatçı bəxş etmişdir. Əbu Əbdüllah əl-Müfərric Nəşəvi, Əhməd ibn Hacəf Nəşəvi, Əkmələddin Naxçıvani, Hinduşah Naxçıvani, Məhəmməd Naxçıvani, Fəxrəddin Naxçıvani, Baba Nemətullah Naxçıvani, Kəmaləddin Naxçıvani, Nəcməddin Naxçıvani, İzzəddin Naxçıvani, Həsən ibn Ömər Naxçıvani, Fəzlullah Nəimi və başqa naxçıvanlı alimlər dünya elm