n sonu – I minilliyin əvvəllərində Naxçıvan ərazisinin tarixi mürəkkəb ictimai – siyasi hadisələrlə zəngin olmuşdur. Bu dövrdə Azərbaycan ərazisində Xocalı – Gədəbəy arxeoloji mədəniyyətinin formalaşması prosesi getmişdir. Naxçıvan ərazisində bu mədəniyyətə aid abidələr I Kültəpə, Şahtaxtı, Kolanı, Sarıdərə, Haqqıxlıq, Bəyəhməd, Qarabulaq, Zeyvə və sairləri aşkar edilmişdir. Bu abidələrin tədqiqi Xocalı – Gədəbəy mədəniyyətini yaradan tayfaların qədim dövrdən bu ərazilərdə məskunlaşmış aborigenlərdən ibarət olduğunu göstərmişdir.[20] Bu dövrdə Naxçıvan ərazisi üçün əsas təhlükə qonşuluqda olan Urartu dövləti tərəfindən yaranmışdır. Culfa rayonu ərazisindəki İlandağda e.ə. 820 – 810-cu illərə aid mixi yazılı kitabə aşkar olunmuşdur. Kitabədən məlum olur ki, Urartu çarları İşpuini və onun oğlu Minuanın dövləti birgə idarə etdikləri dövrdə bu əraziyə basqınlar edilmişdir.[21] İşğalçılara qarşı mübarizə məqsədi ilə regionun qədim yaşayış yerlərində möhtəşəm müdafiə istehkamları (Oğlanqala, Qalacıq, Govurqala və sair) inşa edilmişdir.[22]


I Kültəpə və II Kültəpə yaşayış yerlərindən aşkarlanmış saxsı qab nümunələri (Azərbaycan Tarix Muzeyinin kollesksiyası)
E.ə. IX–VI əsrlərdə Naxçıvan ərazisi Azərbaycan ərazisində ilk mərkəzləşmiş dövlət olan Mannanın,[23] daha sonra isə, onun tarixi və mədəni varisi olan Midiyanın[24] tərkibində olmuşdur. Qazıntılar nəticəsində əldə olunmuş materiallar Naxçıvan ərazisinin, həmçinin, Manna mədəniyyətinin təsir dairəsinə daxil olduğunu sübut etmişdir.[25] Midiyanın süqutundan sonra Əhəmənilərin hakimiyyəti altına düşən Naxçıvan, e.ə. IV əsrin sonlarından Atropatenanın,[26] eramızın III əsrindən isə Sasanilər imperiyasının[27] tərkibinə daxil olmuşdur.

Atropatena hökmdarlarının əsas iqamətgahı olan Qazaka şəhəri Naxçıvana yaxın ərazidə — Güney Azərbaycanın Marağa şəhəri yaxınlığında yerləşdiyindən Naxçıvan, Yaxın Şərqin bir sıra şəhərləri ilə iqtisadi və mədəni əlaqələri gücləndirmiş, antik dünya xalqları ilə sıx ticarət