istilası ərəfəsində Şəki Azərbaycanın mühüm siyasi və iqtisadi
əhəmiyyətə malik olan şəhərlərindən biri oldu. Ərəb işğalları nəticəsində Şəki əyaləti ərəblərin təşkil etdikləri
əmirliklərdən biri olan III əmirliyin tərkibinə daxil oldu. Ərəb xilafətinin zəiflədiyi bir dövrdə Şəkidə müstəqil
knyazlıq yaradıldı.
XIV əsrin I yarısında Hülakilər dövləti iflasa uğradıqdan sonra Şirvanşahlar dövləti ilə yanaşı Şəki də
müstəqillik qazandı və Orlat nəsli hakimiyyətə gəldi.
1551-ci ildə şah Təhmasib Şəkinin müstəqilliyinə son qoydu. Şəki Səfəvilər dövlətinə birləşdirildi.
1743-cü ildə yaranmış Şəki xanlığı Azərbaycan xanlıqları içərisində ən güclü feodal dövləti idi.
1772-ci ildə Kiş çayının daşması nəticəsində qədim Şəki şəhəri demək olar ki, tamamilə məhv olmuş, şəhər
əhalisinin bir qismi tələfata uğramış, bir qismi başqa yerlərə köçüb getmiş, bir qismi indiki şəhərin yerləşdiyi
ərazidə məskən salmışdı.
1805-ci il Kürəkçay müqaviləsinə əsasən Şəki xanlığı Rusiyadan vassal asılılığına düşdü. 1813-cü il
Gülüstan sülh müqaviləsi ilə ərazi qəti şəkildə Rusiyaya birləşdirildi. 1819-cu ildə Şəkidə xan üsul-idarəsi ləğv
olundu. Xanlığın əvəzinə Şəki əyaləti yaradıldı.
1840-cı ildə Kaspi vilayətinin tərkibində Şəki qəzası yaradıldı. Qəza 1846-cı ildən Şamaxı quberniyasının
tərkibinə daxil oldu və Nuxa qəzası adlandırıldı.
XIX əsrin II yarısında çar hakimiyyət orqanları şəhəri idarə etmək üçün onu iki məhəlləyə (Şəki və Qışlaq)
böldü. Bu dövrdə Qışlağın ərazisi hələ şəhər ərazisi ilə birləşməmişdi. Qala, qala ətrafı, ticarətlə sənaye
müəssisələri olan hissələri şəhərin mərkəzi hesab olunur və iki hissəyə bölünürdü: yuxarı və ya ticarət hissəsi,
aşağı hissə. Şəhər ətrafı hissələri Yuxarıbaş, Gəncəlibaşı və Nuxa-Qışlaq hesab edilirdi. Yuxarıbaş hələ XVIII
əsrin sonu XIX əsrin əvvəllərində, Qaladan şərqə doğru salınmışdı.
Şəki ərazisi getdikcə böyüdüyü üçün çar hökumət orqanları şəhərdə əlavə iki inzibati məhəllə yaratdı və
1860-1865-ci