siyasi fəaliyyətinin Naxçıvan dövrü, xüsusilə onun Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri vəzifəsində çalışdığı illər (1991-93) muxtar respublikanın siyasi, sosial-iqtisadi və mədəni inkişafının çətin, eyni zamanda, əlamətdar dövrdür. Heydər Əliyev, birinci növbədə, Naxçıvan Muxtar Respublikasını Ermənistanın silahlı təcavüzü və işğalı təhlükəsindən xilas etdi. Bu illərdə ulu öndərin təşəbbüsü ilə muxtar respublikanın Ali Məclisinin adından "sovet, sosialist" sözləri çıxarılmış, Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin (1918-20) üçrəngli bayrağı Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul olunmuşdur. Blokada şəraitində olan muxtar respublikanın iqtisadi problemlərinin həllinə ciddi diqqət yetirilmiş, qonşu Türkiyə və Iranla iqtisadi əlaqələr yaradılmış, Naxçıvanı Türkiyə ilə birləşdirən "Ümid körpüsü", Iranla yük və sərnişin daşınmasını təmin edən Şahtaxtı-Poldəşt körpüsü salınmışdır.

Xalqımızın böyük oğlu Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin birinci sessiyasındakı (1991, fevral) çıxışında Vətənin ağır və çətin dövründə xalqın dərdinə şərik olmağa, vətəndaşlıq borcunu yerinə yetirməyə, müstəqillik uğrunda mübarizəyə qoşulmağa gəldiyini bəyan etmiş, dağılmaqda olan Sovet Ittifaqında, eləcə də Azərbaycanda mövcud ictimai-siyasi vəziyyəti obyektiv təhlil edərək, cəmiyyəti dərindən düşündürən problemlər barədə mühüm ideyalar irəli sürmüş, prinsipial və konkret fikirlər söyləmiş, təkliflər vermiş, siyasi və iqtisadi böhranın səbəbləri, onların aradan qaldırılması yolları barədə qətiyyətli mövqeyini bəyan etmiş, Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin səbəbləri və günahkarı barədə demişdir: "Yaranmış vəziyyətin günahkarı hakimiyyətdə olan Kommunist Partiyasının Mərkəzi Komitəsi, partiya və dövlət hakimiyyətini ələ keçirmiş Qorbaçovdur".

Xalqının müstəqilliyi uğrunda dönmədən mübarizə aparan ulu öndər Naxçıvan Muxtar Respublikasında fəaliyyət göstərdiyi müddətdə bütün Azərbaycan xalqı və Vətən üçün taleyüklü məsələlərdə daim qətiyyətlilik