Ümumrusiya Müəssislər Məclisinə nümayəndə seçilmişdir. Rusiyada oktyabr çevrilişi ilə əlaqədar olaraq Cənubi Qafqazdan Ümumrusiya Müəssislər Məclisinə seçilmiş nümayəndələr onun iclasına gedə bilməmiş, 1918-ci il fevralın 10-da Tiflisdə toplaşaraq Cənubi Qafqazda ali hakimiyyət orqanı olan Zaqafqaziya Seymini yaratmış, aprelin 22-də isə Cənubi Qafqazın suverenliyini elan edərək, Zaqafqaziya Demokratik Federativ Respublikası Hökumətini yaratmışdılar. Zaqafqaziya seymində Müsəlman fraksiyasının üzvü olan Həsən bəy bütün tədbirlərdə fəal iştirak etmişdir. Zaqafqaziya seymi və hökuməti bu ərazidə yaşayan millətlərin milli maraqlarına cavab vermədiyindən həmin il mayın 25-də buraxılmışdır. Mayın 27-də Zaqafqaziya seyminin Müsəlman fraksiyası özünü Azərbaycan Milli Şurası elan etmiş və Şuranın rəyasət heyətini seçmişdir. Həsən bəy Ağayev Şura sədrinin müavini seçilmişdir.

Azərbaycan Milli Şurasının 1918-ci il mayın 28-də Həsən bəy Ağayevin sədrliyi ilə Tiflisdə Qafqaz Canişininin keçmiş sarayında keçirilmiş təntənəli iclasında Azərbaycanın müstəqilliyi haqqında İstiqlal bəyannaməsini ilk olaraq Həsən bəy Ağayev imzalamışdır.

1918-ci il iyunun 16-da Azərbaycan Milli Şurası və Hökuməti Gəncəyə köçmüşdür. İyunun 17-də burada keçirilən ilk iclasında Milli Şura yaranmış vəziyyətlə əlaqədar olaraq, fəaliyyətini müvəqqəti olaraq dayandırmış, bütün hakimiyyəti yeni yaradılmış Hökumətə vermişdir. Azərbaycan Parlamentinin 1918-ci il dekabrın 7-də Bakıda təntənəli açılışına qədər Həsən bəy Azərbaycan Dəmir Yolu İdarəsinin baş həkimi vəzifəsində çalışmışdır.

Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin ilk iclasında Həsən bəy Parlament sədrinin birinci müavini seçilmişdir. Parlamentin sədri seçilmiş Əlimərdan bəy Topçubaşov Bakıda olmadığından ona rəhbərliyi Həsən bəy həyata keçirmişdir. O, 1919-cu ilin dekabrında yenidən Parlament sədrinin birinci müavini seçilmiş və 1920-ci il fevralın 2-nə qədər ona rəhbərlik etmişdir.

Aprel işğalından (1920) sonra Tiflisə mühacirət