may 1909-cu il tarixli 49 saylı şəhadətnamədən bilinir ki, o, jurnalın əməkdaşı və təmsilçisidir. Bu jurnalda C.Axundovun bir sıra yazıları nəşr edilib.

Cəfər Axundov 1913-cü ildə Romanovlar sülaləsinin 300 illiyi münasibətiylə Rusiyada verilmiş amnistiyadan sonra ana vətəninə qayıda bilib.

1917-ci ilin fevralında Rusiyada burjua inqilabı baş verdikdən sonra Gəncədə də Kerenskinin Müvəqqəti hökumətini təmsil edən hakimiyyət qurumları fəaliyyətə başlayıb. C.Axundov Gəncə Şəhər Fəhlə və Əsgər Deputatları Şurası sədrinin müavini seçilib.

Həmin ildə Rusiya Müəssislər Məclisinə keçirilən seçkilərdə C.Axundov oraya üzv seçilib. Bu Məclis bir gün fəaliyyət göstərib və Lenin onu qovduqdan sonra fəaliyyətinə xitam verilib. Zaqafqaziyadan seçilmiş deputatlar Tiflisdə toplaşaraq Zaqafqaziyanın müstəqilliyini elan edərək Zaqafqaziya Seymini qurublar. Cəfər Axundov da Seymin Məhəmmədəmin Rəsulzadənin başçılıq etdiyi müsəlman fraksiyasının üzvü olub.

28 may 1918-ci ildə Tiflisdə Azərbaycanın İstiqlal Bəyannaməsi qəbul edildikdə həm də Azərbaycan Milli Şurasının üzvü olan Cəfər Axundov səsvermədə bitərəf qalıb (müstəqilliyə səs verməyən ikinci deputat isə "İttihad" partiyasının rəhbərlərindən biri Sultanməcid Qənizadə idi).

Milli Şuranın 1 iyun 1918 tarixli sayca dördüncü iclasında Cəfər Axundovun şuraya göndərdiyi 31 may 1918 tarixli, 37 nömrəli məktubu oxundu. O, Hümmət Partiyasından və Milli Şura üzvlüyündən çıxdığını elan etmişdi. Partiya isə onun əvəzinə Qasım bəy Camalbəyovu üzvlüyə namizəd göstərmişdir.[1]

Cəfər Axundov Azərbaycan Cümhuriyyəti dönəmində müstəqil dövlətimizə gəlməyərək Gürcüstanda yaşayıb və bir müddət Borçalı torpaq şöbəsində çalışıb.

1920-ci ildə Azərbaycanın müstəqilliyi rus süngüləri ilə məhv edildikdən sonra C.Axundov Gəncəyə qayıdaraq yerli "Hümmət" (menşevik) partiyasına rəhbərlik edib (Səməd Ağamalıoğlu ilə birlikdə). Ancaq o, sıravi bir partiya işçisi olaraq qalmayıb və gerçək kommunist kimi sovet hakimiyyətinə qarşı