ı olanlarla (ilk növbədə müstəqillik tərəfdarlarıyla) amansız mübarizəyə başlayıb. 4 iyun 1920-ci ildə Gəncədə Fövqəladə Komissiyanın (ÇK-nın) ona verdiyi 35 saylı mandatda oxuyuruq: "Bu mandatı təqdim edən Cəfər Axundov Gəncə şəhərinin müsəlman hissəsinin müvəqqəti komissarı təyin edilir və ona tapşırılmış bölgədə xüsusi sərəncam olanadək inqilabi qayda-qanunu bərpa etmək həvalə edilir".

Azərbaycan xalq daxili işlər komissarı – Gəncə şəhəri üzrə Fövqəladə Komissiyanın sədrinin (Həmid Sultanovun) 1920-ci ilin iyununda imzaladığı 45 saylı başqa bir mandatda isə yazılıb:

"Bu mandatı təqdim edən yol. Cəfər Axundova Gəncə şəhərinin müsəlman hissəsində bəyləri, xanları və banditləri axtarmağa və həbs etməyə səlahiyyət verilir və müqavimət göstərilərsə onlarla inqilab dövrünün qanunlarına əsasən güllələmək də daxil olmaqla rəftar etməyə hüquq verilir. Bütün hərbi və mülki hakimiyyət orqanlarından yol. Cəfər Axundovun üzərinə qoyulmuş vəzifələri yerinə yetirməkdə ona ən geniş yardım göstərmək tələb edilir".

Gəncə fövqəladə komissarının Gəncə şəhər 3-cü sahə komissarına 25 iyun 1920-ci ildə yazdığı 130 saylı məxfi məktubda göstərilir: "Bununla yol. Axundova görkəmli əks-inqilabçıları həbs etmək səlahiyyəti verilib; bu zaman müvəqqəti həbsdə saxlanmalı olan Mikayıl Rəfibəyovdan istifadə etmək gərəkdir, çünki o, ifadə vermək üçün lazımdır və adı keçən komissar Axundovun yanında olacaqdır".

Bu sənədlərdən də göründüyü kimi, 1920-ci ildəki Gəncə üsyanının qan içərisində boğulmasından sonra Cəfər Axundov cəllad Həmid Sultanova üsyançıların tapılıb məhv edilməsində əlindən gələn yardımı edib.

Sonrakı illərdə C.Axundov Azərneftdə mühəndis vəzifəsində çalışıb. Ancaq qədirbilməz bolşeviklər kommunist partiyası qarşısındakı xidmətlərini unudaraq 1928-ci ildə onu "nərimanovçu" damğası ilə partiyadan qovublar.

Cəfər Axundov 1931-ci ildə Gəncə şəhərində vəfat edib və atasının sərdabəsində dəfn