ə çıxış edərək, Cənubi Qafqaz xalqlarını dostluğa, ədavəti aradan qaldırmağa, əldə edilmiş azadlığı qorumağa çağırmış, Türkiyə dövləti ilə danışıqlara başlamağı və sülh sazişi bağlamağı təklif etmişdir.

1918-ci il mayın 27-də Müsəlman fraksiyasının fövqəladə iclasında Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin sədrliyi ilə yaradılan Müvəqqəti Milli Şuranın İcraiyyə Komitəsinin tərkibində M.Cəfərov da seçilmişdir.

1918-ci il mayın 28-də Azərbaycan Milli Şurasının Tiflisdə kecirilən iclasinda Azərbaycanın dövlət müstəqilliyi haqqında Akt - İstiqlal bəyannaməsi qəbul edilmişdir. M.Cəfərov müstəqilliyin lehinə səs verən 24 Milli Şura üzvündən biri olmuşdur.

Həmin iclasda Fətəli xan Xoyskinin təşkil etdiyi ilk Azərbaycan Hökumətinin tərkibində M.Cəfərov ticarət və sənaye naziri vəzifəsini tutmuşdur. 1918-ci il iyunun 17-də bu Hökumət istefa verdi və Azərbaycan Milli Şurası Fətəli xan Xoyskinin sədrliyi ilə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin ikinci hökumət kabinəsinin tərkibini təsdiq etdi. Həmin gündən 1919-cu il mart ayının ortalarına kimi M.Cəfərov Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Gürcüstan Respublikasında diplomatik numayəndəsi olmuşdur. O, bu vəzifədə Azərbaycan və Gürcüstan hökumətləri arasında dostluq əlaqələrinin yaradılmasında, keçmiş Zaqafqaziya Demokratik Federativ Respublikasının əmlakının bölüşdürülməsində, Gürcüstan və Dağlılar respublikaları nümayəndələrinin Tiflisdə keçirilmiş konfransında yaxından iştirak etmiş və Azərbaycanla Gürcüstan arasında əlavə müvəqqəti kağız buraxılması haqqında müqaviləni imzalamışdır. 1919-cu il martın 14-də Nəsib bəy Yusifbəylinin təşkil etdiyi 4-cü hökumətdə M.Cəfərov xarici işlər naziri vəzifəsini tutmuş, bu vəzifədə 1919-cu il dekabrın 22-nə qədər çalışmışdır. M.Cəfərov bir diplomat kimi Azərbaycan Respublikasının mənafeyini müdafiə etmişdir. Bu onun imzaladığı Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında hərbi-müdafiə sahəsində əməkdaşlıq haqqında müqavilədə, Ermənistan, Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında sazişdə,