Alkaptonuriya zamanı mutasiyalar 3-cü xromosomun uzun çiynində lokalizasiya olunan (3q 21-23) homogentizin turşusunun oksidaza geninə (HGD) təsir göstərir. Nəticədə tirozin və fenilalaninin parçalanmasında iştirak edən homogentizinaza fermentinin (homogentizin oksidaza) sintezi pozulur.


Normada tirozin və fenilalanin mübadiləsində aralıq metabolit olan homogentizin turşusu homogentizinaza fermentinin təsiri altında maleilasetosirkə turşusuna çevrilir və sonra asetosirkə turşusu və fumar turşusuna qədər parçalanır. Son iki turşu sonrakı biokimyəvi proseslərdə iştirak edir. Alkaptonuriya (homogentizinaza fermentinin anadangəlmə defisiti) zamanı homogentizin turşusu metabolizimin sonrakı mərhələlərini keçmir, birləşdirici toxumada toplanan və çox hissəsi (gün ərzində 4-8q-a qədər) sidiklə xaric olan xinon polifenollarına (alkapton piqmenti) çevrilir.

Alkaptonuriyanın simptomları
Alkaptonuriya homogentizin asiduriya, oxronoz və artropatiyalardan ibarət simptomokomplekslə xarakterizə olunur. Bu əlamətlər müxtəlif vaxtlarda meydana çıxır: sidiyin rənglənməsi doğumdan, toxumaların piqmentasiyası 30 yaşdan, oynaqların zədələnməsi 40 yaşdan başlayır.

Alkaptonuriyanın erkən əlamətlərini erkən uşaqlıq dövründə sezmək olar: uşağın yaş paltarlarında yuyulması mümkün olmayan tünd sidik ləkələri görmək olar. Sidikdə homogentizin turşusunun miqdarı çox olduğundan çökdürdükdə tünd-qəhvəyi rəng alır. Sonralar sidik-cinsiyyət orqanları tərəfindən pielonefrit, sidik daşı xəstəliyi, kalkulyoz prostatit inkişaf edir.

Alkaptonuriya zamanı dəri sindromu üzdə (burun kürəyi, dodaq- və gözətrafı nahiyədə), boyunda, ovucda, qarında, qoltuqaltı və qasıq nahiyəsində boz-qəhvəyi piqmentasiyaların meydana çıxması ilə xarakterizə olunur. Xəstəliyin tipik əlamətləri qulaq seyvanının qalınlaşması və boz-göy rəng alması, sklera və konyunktivanın piqmentasiyasıdır. Piqment qırtlaq qığırdağında diffuz toplanır və səsibatıqlıq, təngnəfəslik, disfagiya, udqunma zamanı ağrılarla müşayiət