Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.

1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.

1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandıqda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbi ilə ayağa qalxdı. Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular. Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi. Bu gün, tarixə "Milli Qurtuluş Günü" kimi daxil oldu. İyulun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.

1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə, onun qətiyyəti, əzmkarlığı və uzaqgörənliyi nəticəsində 1994-cü ilin may ayının 12-də Ermənistanla atəşkəs haqqında razılaşma əldə olundu, beş ildən artıq davam edən hərbi əməliyyatlar dayandırıldı, münaqişənin sülh yolu ilə aradan qaldırılması üçün ilkin şərait yarandı.

Məhz atəşkəsə nail olduqdan sonra bütün bu işlər üçün geniş imkan və şərait yaranmış oldu və bu sahədəki işlərin vüsəti xeyli artdı. Heydər Əliyev məsələnin sülh yolu ilə həll olunmasına tərəfdar olduğunu